Seit März 2004 besitzt das Museum, in dem die Geschichte der Stadt erzählt wird, zwei Bauten. Traditionell befindet sich der Hauptsitz im Alten Rathaus mit seinem spitzgiebligen Dach, mit Schatz- und Rüstkammer, mit 53 Meter langem Festsaal und Ratsstube mit dem intarsienverzierten Aktenschrank von 1592, mit Renaissance-Empore, von der die Stadtpfeifer zum Tanz aufspielten, und den Fürstenbildern, dem weltberühmten Bach-Porträt des sächsischen Hofmalers Haussmann und Porträts der Leipziger Stadtrichter.

Im neuen Museumswinkel zwischen Böttchergässchen und Reichsstraße ist ein funktionaler Erweiterungsbau hinzu gekommen, in dem Platz ist für Hinterlassenschaften in geöffneten Depots, Sonderausstellungen, Stadtveduten aus mehreren Jahrhunderten, Bibliothek, Werkstätten und Verwaltung. Die Archivräume sind auf modernstem Stand, der Ausstellungsraum im Erdgeschoss hat einen großzügigen Zuschnitt und bietet spannende Ausblicke auf die Innenstadt. In einem dynamischen Gebäude wird Geschichte erfahrbar. Dass ein größerer Teil der Fassade des Neubaus mit Rochlitzer Porphyr verkleidet ist, den schon Fürsten für die Fassaden ihrer Burgen und Schlösser benutzten, zeugt von Traditionsbewusstsein.