Pläne für eine dritte Pinakothek gab es bereits in den frühen sechziger Jahren des 20. Jahrhunderts, aber einigermaßen konkret geworden sind sie dann erst in den Neunzigern. Binnen weniger Jahre sammelte eine private Stiftung mehr als zwanzig Millionen Mark, und so konnte das neue Museum nach Plänen des Architekten Stephan Braunfels im September 2002 mit festlichem Prunk und Pomp feierlich eröffnet werden.

Die Pinakothek der Moderne ist einer der schönsten Museumsbauten Süddeutschlands geworden, und unter ihrem Dach vereinigt sie vier sehr disparate Sammlungen: die Staatsgalerie moderner Kunst, das Designmuseum Neue Sammlung, die Staatliche Graphische Sammlung und das Architekturmuseum. In der Staatsgalerie moderner Kunst wird dabei mehr oder weniger fortgeschrieben, was in der Alten und Neuen Pinakothek begonnen wurde, wenn auch die enge Begrenzung auf Gemälde der Kunstentwicklung entsprechend aufgehoben wurde und längst auch Videos, Installationen und Objekte gesammelt werden. Namhafte Werke der klassischen Moderne und des 20. Jahrhunderts gibt es zu sehen, mit Schwerpunkten von Picasso, Klee, Beckmann, Ernst, Magritte und Kandinsky. Aus neuerer Zeit stechen besonders Werke von Baselitz, Bacon, Beuys – etwa die großartige Installation „Das Ende des 20. Jahrhunderts“ (1983) –, de Kooning, Nauman, Polke, Twombly und Warhol hervor, und auch Aktuelles von Pipilotti Rist oder Jeff Wall ist vertreten.

Mit der Neuen Sammlung beherbergt die Pinakothek der Moderne ein Museum von unbestrittener Weltgeltung in ihren Mauern. 60.000 Objekte der angewandten Kunst, von denen natürlich nur ein Ausschnitt gezeigt werden kann, umfasst die große Design-Abteilung der Pinakothek. Ob Auto- karosserie, Industrial Design, Sportgeräte, Möbelgestaltung oder interaktive Computer Screens: die Neue Sammlung bietet einen hervorragenden Überblick über die Geschichte der Gestaltung von den Anfängen der industriellen Revolution über Jugendstil und Bauhaus bis hin zu aktuellen Designvisionen.

Auch die Graphische Sammlung mit ihren rund 400.000 Zeichnungen und Drucken von Leonardo da Vinci über Paul Cézanne bis hin zu zeitgenössischen Künstlern ist schon für sich ein Museum mit Weltgeltung. In der Pinakothek der Moderne sind die wertvollen Exponate meist in Wechsel- ausstellung in besonders lichtgeschützten Räumen zu sehen, da die Originale sehr empfindlich sind und deshalb nicht dauerhaft gezeigt werden sollen.

Den vierten Baustein des Gesamtkomplexes bildet das Architekturmuseum der Technischen Universität München, die größte Spezialsammlung ihrer Art in Deutschland mit 350.000 Architekturzeichnungen, 100.000 Fotografien und gut 500 Modellen. Arbeiten des Barockbaumeisters Balthasar Neumann sind vertreten, von Erich Mendelsohn und Le Corbusier bis hin zu Günter Behnisch und Shigeru Ban.

Die gesamte Pinakothek der Moderne folgt stetig dem Grundgedanken, dass die Zeit der klaren Spartentrennung in der Kunst vorbei ist. Und deshalb sieht man in der „Pina drei“, wie das Haus gelegentlich flott und zeitgeistig genannt wird, manchmal auch Theateraufführungen, und es gibt regelmäßig Konzerte mit neuer Musik.